华南农大最新论文：从马来穿山甲中分离出新冠病毒

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2月7日，华南农业大学在新闻发布会表示，该校联合攻关团队通过分析1000多份宏基因组样品，锁定穿山甲为新型冠状病毒的潜在中间宿主，但研究尚未发表。

2月20日，预印本网站bioRxiv（未经同行评议）上发表了针对上述结论的最新论文，同时，进一步论证了穿山甲冠状病毒与新型冠状病毒（SARS-CoV-2）高度相关，并且提出穿山甲具有充当SARS-CoV-2中间宿主的潜力。

在这项研究中，研究团队提出了SARS-CoV-2或起源于穿山甲冠状病毒与蝙蝠样冠状病毒RaTG13的重组，且针对穿山甲外周血的冠状病毒抗体可以和SARS-CoV-2结合，再次提供了穿山甲有可能作为中间宿主的证据。

由于冠状病毒在哺乳动物和鸟类中常见，研究人员使用Blast search搜索了所有可用的哺乳动物和鸟类病毒、宏基因组和转录组数据中类SARS的CoV序列。最后在一组穿山甲病毒宏基因组中，研究人员鉴定出了34个高度相关的重叠序列，因此，研究人员将重点放在对穿山甲的SARSr-CoV研究上。

图片来源：bioRxiv

研究使用了2019年3月-12月被广东省海关和林业部门没收的29只死亡穿山甲的组织标本，其中4只中国穿山甲和25只马来穿山甲。这些穿山甲被送往野生动物救援中心时，大都不活跃并呜咽，尽管全力抢救但还是死亡。组织标本取自刚死亡的穿山甲的肺、淋巴结、肝脏、脾脏、肌肉、肾脏和其它组织，采取包括了序列分析、抗体分析、结构预测、组织学和病理学分析。

对8只马来穿山甲的血浆样本进行分析时发现，其中1个样本发生反应，血浆成效阳性，这表明穿山甲自然感染了类似SARS-CoV-2的病毒。在对穿山甲肺部组织的检测中发现了肺部间质性炎症和严重堵塞，在肝脏、淋巴、肾脏和其它组织中发现了炎症细胞，少量肺泡管和膀胱表皮发现了出血现象。

图片来源：bioRxiv

研究对9只穿山甲的肺进行病毒识别，从穿山甲基因组中分离出编码结构蛋白S、E、M和N分别与SARS-CoV-2的氨基酸同源性为90.4%、100%、98.2%和96.7%。检测出的数据显示，尤其是S蛋白的受体结合结构域（RBD）和SARS-CoV-2的S蛋白RBD只差1个氨基酸。

研究人员推断，这些数据表明，SARS-CoV-2可能起源于穿山甲冠状样病毒（Pangolin-CoV-like）和Bat-CoV-RaTG13病毒的重组。

另外，由于SARS-CoV和SARS-CoV-2的S蛋白已被证明在宿主细胞进入时识别ACE2，研究人员对人类、穿山甲和果子狸的ACE2进行了比较分析，发现SARS-CoV能够识别人类和果子狸，似乎能与穿山甲的ACE2结合。但SARS-CoV-2和穿山甲冠状样病毒的S蛋白能够识别的只有人类和穿山甲的ACE2。

研究人员表示，由于穿山甲冠状病毒的RBD与SARS-CoV-2几乎完全相同，对人类ACE2具有很强的结合能力，因此穿山甲冠状病毒未来可能对公共健康构成威胁。穿山甲ACE2与S蛋白RBD的结合进一步证实了穿山甲作为SARS-CoV-2中间宿主的潜力。

图片来源：bioRxiv

该研究论文作者单位来自，华南农业大学、中国农业大学、广州动物园、广东省野生动物救助中心。

不过，这项研究有一点令人失望的是，2月7日的新闻发布上，华南农业大学曾表示：“通过对病毒的基因组分析，发现分离的病毒株与目前感染人的毒株序列相似度高达99%”，可是目前看来华南农大分离的病毒株和新冠病毒只在一部分基因上是高度类似，在全基因组层面要比从云南蝙蝠上分离的RaTG13病毒离新冠病毒更远。

参考文献：

Isolation and Characterization of 2019-nCoV-like Coronavirus from Malayan Pangolins

DOI: 10.1101/2020.02.17.951335